L’altare, dedicato al Santo poverello fondatore dell’ordine dei francescani, in realtà non appartiene propriamente al percorso di visita. Esso ricorda l’altare usato da Beato Caimi per celebrare le Sante Messe prima che iniziassero i lavori di costruzione della chiesa.
La pala d’altare rappresenta il transito di San Francesco, dipinta nel 1880 dal pittore valsesiano Pier Celestino Gilardi di Campertogno. Essa sostituisce la tavola originaria che era stata dipinta da Gaundezio Ferrari verso il 1517 ed è ora conservata nella Pinacoteca di Varallo.
La cappellina fu finanziata da Emiliano Scarognini, notabile appartenente ad una delle più influenti famiglie di Varallo del tempo.