Il progetto edificatorio di padre Caimi trovò felice concretizzazione, a partire dal primo Cinquecento, nelle straordinarie capacità narrative e comunicative di Gaudenzio Ferrari (Valduggia ca. 1476 – Milano 1546), pittore, scultore e architetto. Gaudenzio lavora intensamente al Sacro Monte per circa quindici anni (1513 – 1528); piano piano, però, andava affievolendosi l’idea di riprodurre i sacri luoghi della vita di Gesù in favore di un’illustrazione cronologica della storia che verrà affermata definitivamente nella seconda metà del secolo.

Gaudenzio racconta alcuni episodi del Vangelo conferendo un senso di freschezza, emozione e semplicità quotidiana. Nelle sculture e negli affreschi ritrae personaggi veritieri che ogni fedele avrebbe potuto incontrare passeggiando tra le contrade di Varallo o nei sentieri verso gli alpeggi valsesiani: ne sono esempi meravigliosi il pastore di Rimella, l’anziano senza denti, la zingara con i bambini, il giudeo gozzuto, la nobildonna. I francescani apprezzarono profondamente l’immediatezza espressiva delle opere del maestro poiché attraverso i personaggi, gli ambienti e il senso del viaggio suggerito dalla morfologia del Sacro Monte il racconto si rendeva facilmente comprensibile e credibile. Gaudenzio realizzò quindi, nelle sue cappelle, una sorta di modello narrativo che, nei decenni successivi, verrà intenzionalmente imitato e seguito dai maestri successivi, anche su richiesta della supervisione religiosa.

Nel 1514 vedeva la luce la prima operetta descrittiva del luogo, redatta dai francescani e intitolata “Questi sono li misteri che sono sopra al monte de Varade”, una vera e propria guida alla comprensione e alla visita del complesso in via di edificazione: si tratta di un documento storico di eccezionale valore poiché tratteggia in modo semplice, con piccole preghiere e prosa, la fisionomia del Sacro Monte nel tempo più prossimo alla fondazione di padre Caimi.

La seconda metà del Cinquecento è caratterizzata da una riprogettazione radicale del Sacro Monte ad opera dell’architetto perugino Galeazzo Alessi. Tra il 1565 e il 1569 Alessi prepara un manuale manoscritto, noto come “Libro dei Misteri” oggi conservato presso la Biblioteca Civica di Varallo, nel quale il Sacro Monte viene trasformato in una vera e propria cittadella abbellita da fontane, siepi, giardini e tempietti (non più semplici cappellette). Il progetto alessiano non trova accoglimento da parte dei frati poiché alterava la concezione originaria del luogo; scaturirono, al riguardo, decisi contrasti fra i frati e i rappresentanti delle famiglie nobili e notabili di Varallo, reggenti della fabbriceria laica, che verranno conciliate dall’arcivescovo di Milano Carlo Borromeo, in visita al Sacro Monte tra il 1571 e il 1584, con l’accoglimento di una piccola parte delle modifiche introdotte dal “Libro dei Misteri”.

È il vescovo di Novara Carlo Bascapè (1593 – 1615) a traghettare il Sacro Monte dal periodo delle riflessioni avviate da san Carlo alle indicazioni dettate dal Concilio di Trento, durante il quale si affrontarono temi cruciali come quello della funzione delle immagini. Il Concilio riconobbe la funzione educativa delle immagini per i fedeli, in gran parte analfabeti, purché esse fossero controllate e verificate: il Bascapè si adopererà attivamente intervenendo per supervisionare e, in qualche caso, correggere le rappresentazioni in via di realizzazione.

Il cantiere dei lavori che si sviluppa nel corso del XVII secolo vedrà nascere un Sacro Monte pressoché identico, negli spazi, a quello che possiamo visitare oggi. Sorsero nuove cappelle, nelle quali operano artisti di fama come il pittore perugino Domenico Alfano, lo scultore fiammingo Giovanni Wespin (“il Tabacchetti”) o Pier Francesco Mazzucchelli detto “il Morazzone”. Soprattutto si assiste all’esordio e all’ascesa di Giovanni D’Enrico (Alagna 1559 – Borgosesia 1644), architetto e scultore, e dei suoi fratelli pittori Melchiorre e Antonio (detto “Tanzio”) nativi di Alagna.
Giovanni, nel rispetto delle linee guida date dal maestro rinascimentale Gaudenzio, è capace di infondere una forte espressività, un senso di teatralità e verità ai suoi soggetti. Opera al Sacro Monte per circa trentacinque anni (1605 – 1640) realizzando più di 335 sculture. A lui si deve l’erezione dell’elegante Palazzo di Pilato completato dalla Scala Santa, costruita a imitazione di quella della chiesa di San Giovanni in Laterano a Roma. Proprio durante questa edificazione l’équipe dei D’Enrico si completa con l’arrivo di Tanzio che eseguirà gli affreschi in tre cappelle della Passione: il suo stile, di un verismo vigoroso, si coniuga a un’indagine cruda della miseria umana e dimostra un’inclinazione verso il caravaggismo e il secondo manierismo lombardo-piemontese caratteristico dei contemporanei lombardi (Cerano, Morazzone, Procaccini)

Nel 1614 inizia la costruzione della nuova basilica, dedicata a Maria Vergine Assunta, progettata da Bartolomeo Ravelli e Giovanni d’Enrico, che sarà terminata nel 1713. Il corso del secolo XIX vede lo sviluppo di cantieri come la costruzione di Casa Parella e la definizione di altre cappelle.
Contemporaneamente, Varallo si trasforma in uno dei centri culturali e di formazione di maggiore importanza del Regno di Sardegna e viene fondata la Scuola di Disegno (1778) dove numerosi artisti attivi al Sacro Monte insegnano alle nuove generazioni la produzione d’arte unitamente al restauro delle opere dei predecessori.

L’edificazione del Sacro Monte, iniziata nel 1491, termina ufficialmente nel 1896 con l’apposizione della facciata della basilica. Il progetto, che osserva delle somiglianze con la facciata della Certosa di Pavia, è dell’architetto Bartolomeo Cerutti di Valpiana. Il marmo bianco scelto per l’opera proviene da Carrara e fu trasportato a Varallo grazie alla linea ferroviaria inaugurata dieci anni prima.

Parallelamente, in città, nel 1831 era stata fondata la Società di Incoraggiamento allo Studio del Disegno per sostenere la Scuola di Disegno, nata sul finire del secolo precedente e ubicata nell’attuale Palazzo dei Musei. La Società era interessata ad ampliare le proprie attività verso la documentazione, la conservazione e la valorizzazione dei beni culturali del territorio. A questo scopo nel 1875 nacque la Società di Conservazione delle Opere d’Arte e dei Monumenti in Valsesia impegnata nel creare una Pinacoteca che vedrà la luce nel 1885. Tra le numerose quanto preziose opere d’arte si può osservare il più antico gruppo scultoreo in legno del Sacro Monte delle origini, la Pietra dell’Unzione, oltre ad affreschi, sculture e dipinti destinati al complesso e in seguito trasportati in museo a scopo conservativo, testimonianze del profondo legame esistente tra il Sacro Monte e la Pinacoteca.